A Vatikán és a magyar kormány közötti megállapodás értelmében részesült amnesztiában.
A kommunista hatalom súlyos támadásokat indított az egyházak ellen, amely támadásokat Mindszenty igyekezett visszaverni, mígnem 1948. december 26-án letartóztatták és az Andrássy út 60-ban megkezdték kínzását és kihallgatását. Pszichotróp szerek hatása alatt minden ellene felhozott vádat elismert. A koncepciós perben életfogytig tartó fegyházra ítélték 1949. február 8-án. Az 56-os forradalom idején kiszabadult, a parlamentben és a rádióban tartott beszédet. Mikor a szovjet csapatok megszállták Budapestet, az amerikai követségre menekült, ott élt 1971-ig. Szándéka szerint nem akarta soha elhagyani Magyarországot, de a pápának engedelmeskedve Bécsbe utazott és ott élt haláláig. Ez idő alatt a világ minden magyarlakta országát felkereste, és meglátogatta híveit.
(kötelező)
(nem lesz közzétéve, de kötelező)
(kötelező)